Khi tất cả các phản biện đã hoàn thành, BTV chuyên mục phải đưa ra quyết định về bài nộp. Để hỗ trợ cho BTV chuyên mục, những lời phản biện đã được đặt tự động vào mục Liên lạc giữa BTV/Tác giả (trừ những phần được Người phản biện đánh dấu là chỉ dành cho BTV chuyên mục). BTV chuyên mục có thể biên tập những lời bình này, được xác định bằng chữ cái (v.d., Người phản biện A, v.v..). BTV chuyên mục nên tóm lược cơ sở cho quyết định của mình trong mục Liên lạc giữa BTV/Tác giả để Tác giả biết (vì Tác giả không thể xem được Quyết định của BTV). BTV chuyên mục có thể ghi và biên tập những lời bình trước khi gửi đi cho tác giả. Mỗi lần BTV chuyên mục gửi email cho Tác giả, chỉ những lời bình hiện tại được gửi đi. BTV chuyên mục và Tác giả vẫn có thể xem được tập hợp các lời bình trên trang Phản biện đối với bài nộp tương ứng của mỗi người. BTV chuyên mục cũng có thể tải lên một phiên bản bài nộp có kèm theo góp ý hoặc lời bình.

Ghi lại Quyết định. BTV chuyên mục lựa chọn một trong các Quyết định: Chấp nhận, Chấp nhận chờ sửa, Nộp lại bài để phản biện, hoặc Từ chối. BTV chuyên mục có thể đưa ra quyết định ban đầu, Chấp nhận chờ sửa, và sau khi hài lòng với Bản của Tác giả do Tác giả tải lên, ra quyết định thứ hai là Chấp nhận. Nếu BTV chuyên mục quyết định Chấp nhận, bước tiếp theo sẽ là xác định một phiên bản của bài nộp trong các phiên bản của BTV và Tác giả để chuyển sang trang Biên tập bản thảo và Biên tập. Phiên bản của BTV mặc định chính là Phiên bản Phản biện và BTV chuyên mục có thể thay đổi phiên bản này — ví dụ, khôi phục lại tên tác giả — và tải bản này lên để Biên tập bản thảo. Nếu BTV chuyên mục lựa chọn Từ chối, bài nộp sẽ được chuyển sang danh mục Bài cũ với trạng thái được ghi là Từ chối.

Nộp lại bài để Phản biện. BTV chuyên mục có thể khởi xướng vòng phản biện thứ hai đối với một bài nộp. BTV chuyên mục ghi lại quyết định Nộp lại bài để Phản biện. Sau đó BTV chuyên mục gửi email cho Tác giả của bài nộp (vì Tác giả không xem được Quyết định) cùng với nội dung chính những điều cần sửa đối với bài nộp trước khi gửi lại bài để hiệu đính. Khi Tác giả gửi lại một phiên bản để phản biện, nó sẽ xuất hiện dưới mục Phiên bản của Tác giả, và BTV chuyên mục coi đó là bản nộp lại. Bài nộp này sau đó trở thành Bản phản biện cho Vòng 2 (và một lần nữa cần được kiểm tra tình trạng ẩn danh, và nếu cần thiết tải lại phiên bản mới dưới mục Bản phản biện). Những người phản biện ở Ròng 1 vẫn còn trong danh sách, mặc dù những phản biện và khuyến nghị của họ đã được xóa và chuyển sang mục "Từ chối, Dừng và các Vòng phản biện trước của bài nộp". BTV chuyên mục có thể kích hoạt lời đề nghị đối với mỗi Người phản biện ở Vòng 1 bằng cách nhấp chuột vào biểu tượng email dưới mục Đề nghị, hoặc BTV chuyên mục có thể dùng tính năng Xóa Người phản biện và lựa chọn Người phản biện khác cho Vòng 2. Mục Liên lạc giữa BTV/Tác giả cho Vòng 1 cũng sẽ được chuyển sang mục "Từ chối, Dừng và các Vòng phản biện trước của bài nộp", nơi mà BTV chuyên mục có thể xem lại khi cần thiết.