Quá trình Phản biện được chia thành sáu bước nhằm định hướng cho Người phản biện trong quá trình Phản biện.

Bước 1
Người phản biện trước hết phải cho BTV chuyên mục biết liệu họ có tiến hành phản biện hay không. Quyết định này cần đưa ra sau khi xem xét Tóm tắt của bài nộp và có thể xem cả bài nộp bằng cách nhấp chuột vào tên file ở Bước 3 (tùy theo chính sách của tạp chí, Người phản biện có thể không được xem file trước khi đồng ý phản biện).

Nếu không thể phản biện. Người phản biện không thể phản biện nhấp chuột vào nút "Tôi không không thể phản biện" và được dẫn tới một email chuẩn gửi cho BTV chuyên mục và Người phản biện, nếu muốn, có thể giải thích tại sao họ không thể phản biện (v.d., thời gian, xung đột lợi ích, thiếu chuyên sâu, v.v..).

Nếu có thể phản biện. Người phản biện có thể phản biện được nhấp chuột vào nút "Tôi có thể phản biện" để được dẫn tới một email chuẩn gửi cho BTV chuyên mục, đồng thời báo cho BTV chuyên mục và Tác giả biết rằng phản biện đang được tiến hành.

Bước 2
Hướng dẫn dành cho Người phản biện đã được các BTV chính của tạp chí chuẩn bị để đảm bảo rằng việc Phản biện có ích nhất đối với họ và với tác giả.

Bước 3
Tác giả đã tải bài nộp lên dưới dạng file và Người phản biện có thể download từ website của tạp chí về máy tính của mình bằng cách nhấp chuột vào tên file. File có thể được mở ra hoặc ghi lại vào máy tính rồi mở ra bằng những phần mềm thông dụng như Word hay Acrobat. Bài viết có thể được in ra hoặc đọc trên màn hình. Các File phụ trợ chỉ những tài liệu mà tác giả có thể đã tải lên để bổ sung cho bài nộp, ví dụ như tập hợp dữ liệu, công cụ nghiên cứu, hoặc tài liệu nguồn.

Bước 4
Người phản biện chuẩn bị bài Phản biện về bài nộp theo Hướng dẫn dành cho Người phản biện bằng cách gõ trên phần mềm soạn thảo hoặc nhấp chuột vào nút Phản biện để dán trực tiếp vào hộp text Phản biện. Người phản biện có thể nhập toàn bộ nội dung một lần hoặc nhập nhiều lần, mỗi lần đều ghi lại. Theo cách này, Người phản biện có thể thông báo trên ô text Phản biện liệu tất cả các phần của bài Phản biện có nên để Tác giả cùng xem không. Theo những giới hạn của Người phản biện, nếu có, BTV chuyên mục sẽ lựa chọn chia sẻ một phần hoặc toàn bộ bài Phản biện với Tác giả.

Bước 5
Người phản biện, ngoài nhập nội dung bài Phản biện, cũng có thể tải liên các file cho BTV chuyên mục và/hoặc Tác giả xem. Những file này có thể là một phiên bản của bài nộp có chú thích của Người phản biện hoặc các dữ liệu hoặc tài liệu phù hợp có thể hữu ích đối với BTV và/hoặc Tác giả. BTV có quyền quyết định liệu những file này có để cho Tác giả xem hay không, nhưng Người phản biện có thể có góp ý nào đó về điều này trong phần Phản biện (Step 4).

Bước 6
Người phản biện phải lựa chọn một Khuyến nghị nào đó đối với bài nộp trong số các lựa chọn sau: Chấp nhận, Chấp nhận có sửa chữa, Nộp lại bài để phản biện, Nộp bài nơi khác, Từ chối, Xem lời bình. Khi Người phản biện nhấp chuột vào nút "Nộp bài Phản biện cho BTV", nó sẽ đưa tới một email soạn sẵn gửi BTV chuyên mục, đồng thời BTV có thể đọc được Khuyến nghị, bài Phản biện và bất kỳ file nào được tải lên. Email này có thể được Người phản biện biên tập trước khi gửi đi.