Phần mềm tạp chí cho phép Tác giả tham gia vào việc lập chỉ mục cho các bài nộp cho tạp chí. Bản thân hệ thống cũng tạo ra một số thành phần chỉ mục hoặc dữ liệu mô tả (ví dụ tên tạp chí, ngày, địa chỉ URL,...). Siêu dữ liệu, hay dữ liệu về dữ liệu, bao gồm hàng loạt thuật ngữ mô tả tài liệu và dữ liệu, tương tự như các thuật ngữ chỉ mục. Tạp chí sử dụng một giao thức để lập chỉ mục cho những bài nộp đã được Open Archives Initiative (OAI) xây dựng và duy trì dựa trên Dublin Core Metadata Initiative. Giao thức OAI Metadata Harvesting Protocol là một tiêu chuẩn đang được ưa chuộng, cho phép các công cụ tìm kiếm hợp chuẩn OAI lập nên những chỉ mục nghiên cứu dựa trên các nguồn thông tin trên toàn cầu. Tuy nhiên, nội dung của tạp chí cũng có thể được lập chỉ mục trên Google và các công cụ tìm kiếm web chuẩn khác.

Yếu tố siêu dữ liệu. The Dublin Core bao gồm 15 yếu tố siêu dữ liệu dùng để định danh và mô tả tài liệu. Những yếu tố này bao gồm những thuật ngữ chỉ mục truyền thống cho việc định danh tài liệu như Tác giả, Tiêu đề, Mô tả (Tóm tắt), Chủ đề, cùng với các yếu tố khác như Kiểu, Phạm vi và Nhà tài trợ, cho phép lập chỉ mục chi tiết hơn. Tổng biên tập và BTV chính đã lựa chọn những yếu tố nào phù hợp cho tạp chí này và cung cấp ví dụ cho từng yếu tố — dựa trên phạm vi và trọng tâm của tạp chí — để hướng dẫn Tác giả.

Khi nhập tóm tắt, một số mã HTML nhất định được phép sử dụng để có được định dạng phức tạp hơn.

Lợi ích của lập chỉ mục. Các tác giả được khuyến khích lập chỉ mục cho bài nộp của mình ở Bước 2 của quá trình nộp bài và có cơ hội để duyệt lại và hiệu đính dữ liệu mô tả này trong quá trình biên tập. Dữ liệu mô tả cũng sẽ được duyệt ở bước Biên tập bản thảo. Dữ liệu mô tả cho tạp chí này sẽ được một số công cụ tìm kiếm chuyên về tài liệu nghiên cứu "gặt hái" để tạo ra những chỉ mục hoặc chỉ dẫn nghiên cứu. Bài viết được lập chỉ mục tốt sẽ dễ dàng được những người cần đến tìm thấy hơn nhiều và bài viết đó có khả năng sẽ được trích dẫn nhiều hơn. Vì chỉ có một lượng thuật ngữ giới hạn dùng để lập chỉ mục cho tác phẩm, các tác giả được khuyến cáo nghĩ xem tác phẩm của họ được định vị và tìm ra như thế nào nhờ tác dụng của lập chỉ mục chi tiết này.