Ebola là một trong những virus có khả năng gây ra hội chứng sốt xuất huyết ở người. Chỉ trong vòng một năm 2014, dịch sốt xuất huyết do virus Ebola đã gây ra 23,825 ca mắc bệnh với tỉ lệ người chết từ 25% đến 90%. Đến nay tình hình nhiễm bệnh tuy đã được kiểm soát nhưng vẫn cần có những biện pháp phòng ngừa để tránh tình trạng dịch bệnh bùng phát trở lại. Tuy nhiên, hiện nay chưa có thuốc đặc trị nào được FDA chấp thuận trong điều trị bệnh sốt xuất huyết do virus Ebola gây ra.

            Trong những năm gần đây, lĩnh vực khám phá thuốc với sự hỗ trợ của máy tính (Computer-Aided Drug Discovery, CADD) hay còn gọi là khám phá thuốc bằng con đường in silico được sự quan tâm của nhiều nhà nghiên cứu. Tính đến nay, cả trong và ngoài nước chỉ có một vài nghiên cứu trong lĩnh vực này được thực hiện trên virus Ebola. Từ tình trạng cấp thiết trong việc tìm kiếm những thuốc có khả năng ức chế loại virus nguy hiểm Ebola đồng thời kết hợp các lợi ích của quá trình phám phá thuốc nhờ vào phương pháp in silico mà cụ thể là phương pháp gắn kết phân tử (molecular docking), đề tài được thực hiện với mục tiêu chính là xác định được các chất có khả năng gắn kết tốt trên virus Ebola. Các chất này sẽ được đưa vào thử nghiệm trên virus Ebola trong tương lai với hy vọng tìm ra chất có khả năng ức chế virus, làm chất khởi nguồn trong việc khám phá và thiết kế thuốc điều trị bệnh do virus Ebola gây ra.

Phương pháp nghiên cứu

- Gắn kết phân tử (molecular docking) được thực hiện bằng phần mềm AutoDock Vina.

- Các cấu trúc protein mục tiêu: được tải từ ngân hàng dữ liệu protein.

- Dữ liệu ligand gồm 17 chất được chia làm 2 nhóm chính. Cấu trúc 3D của các ligand được tải về từ ngân hàng dữ liệu Pubchem.

- Phần mềm BIOVIA Discovery Studio 4.5 cho phép quan sát trong không gian ba chiều, phân tích tương tác giữa protein với ligand và dự đoán vị trí gắn trên protein.

Kết quả

            Đề tài đã thực hiện quá trình docking trên cả 4 loại protein được chọn là VP24 (PDB id: 4MOQ), VP30 (PDB id: 5DVW), VP35 (PDB id: 3FKE), và VP40 (PDB id: 1H2C) với hai nhóm chất là nhóm đang thử nghiệm kháng virus Ebola và nhóm chất tiềm năng khác. Kết quả cho thấy silybin là chất có ái lực gắn kết tốt nhất (-9.5 kJ.mol^-1) so với các chất. Thông qua việc đánh giá dựa trên quy luật lọc Lipinski, silybin là chất tiềm năng, được chọn như chất khởi nguồn cho thử nghiệm hoạt tính kháng virus Ebola và phục vụ cho quá trình thiết kế và khám phá thuốc ức chế virus Ebola trong tương lai.