Để quy hoạch nuôi trồng thuỷ sản đúng cần phải Phân vùng sinh thái tự nhiên, nhằm tiến đến phát triển nghề nuôi thuỷ sản ở các vùng ven biển ĐBSCL  một cách bền vững. Kết quả nghiên cứu theo phương pháp GIS, RS kết hợp phương pháp nghiên cứu điều tra các tiêu chí: Địa hình, Địa mạo, Đất đai, chế độ ngập nước, độ mặn, nguồn thức ăn, cùng tập quán canh tác…kết quả  cho thấy 8 tỉnh có 9 vùng khác nhau, trong đó, Sóc trăng: 5 vùng, Bạc Liêu: 6 vùng, Cà Mau: 8 vùng ; Kiên Giang: 7 vùng, Long An: 5 vùng, Tiền Giang: 7 vùng, Bến Tre: 6 vùng và Trà Vinh: 6 vùng. Đồng thời,đã xuất ra các Bản đồ Phân vùng sinh thái cho 8 tỉnh ở các tỷ lệ 1/250 000; 1/100 000…